Kerkorganist
In 1942 krijgt Jan Bonefaas zijn eerste benoeming als kerkorganist, in de Gereformeerde Kerk van Sleeuwijk. In deze kerk bevindt zich een éénklaviers orgel gebouwd door de orgelmaker Proper in 1894. Toen in 1968 een nieuw orgel gebouwd werd door de firma Pels & Zoon, werden acht stemmen uit het Proper/orgel hierin opgenomen. Het orgel werd toen gebouwd onder advies van Jan Bonefaas.
Op 1 januari 1955 komt de organistenfunctie vrij in de Grote Kerk van Gorinchem. Er melden zich 17 kandidaten, voor die tijd erg veel. Bij de 3 laatste overgebleven kandidaten bevindt zich ook Jan Bonefaas, die na het terugtrekken van de andere 2 kandidaten wordt benoemd. Na 2 generaties Appel (Sipke, en daarna zoon Frans), samen goed voor het 102 jaar vervullen van deze functie, krijgt de dan 28-jarige Bonefaas beschikking over het prachtige Bätz/Witte orgel in deze kerk.